确定差异所在层次
先准确描述差异：人员标识、标记结果、亲缘关系指数，还是文字结论不同。这是四类不同任务。两份文件可能百分比不同，却同样支持某种关系。相反，若原始遗传观察涉及同一人，最终措辞相似也不能消除数据差异。
比较时收集两份完整鉴定意见、附件及文件版本信息。工作表注明日期、执行方、检验目的、参与人员、对象及所提问题。更正鉴定意见应连同变更说明考虑：不考虑历史，将初始文件与最终版本比较，可能制造人为矛盾。
对应人员与样品
对每位参与者，应追溯取样文件、包装标识、登记代号及结果表之间的联系。不同机构的字母和编号可能不同，需要明确对应，而非字符一致。还应核查样品是否重新取得，还是两次检验均使用同一最初来源的材料。
这有助于区分实验室程序独立性与材料来源独立性。对同一样品一部分重复分析，并不能重新核查其取得时属于谁。同时，文件链中断不能证明样品被替换：审查人员查明能否还原关联，以及缺口对具体回答有何影响。故意造假的假设需要独立依据。
比较遗传观察结果
首先提取共同标记，核查名称及结果呈现方式是否可比。不同检测组合可能提供不同信息量。某份文件缺少一个位点，不等于等位基因不一致。记录格式不同，需要相关专业人员解释，而不是机械检查各行是否相同。
若对同一参与者的可比标记确实列出不同结果，应查明分型质量和完整性、重复分析信息及对象可能限制。实质评价可能需要原始分析记录及实验室说明。只依据最终表格的审查，本身不能查明仪器观察到何种信号，以及程序实际如何实施。
将计算统一到相同问题设定
遗传数据相同时，应从比较假设、参与者组成、群体频率、修正及突变处理查找指数差异。必须确定是否将同一种关系与同一种其他假设比较。相对于无亲缘关系者假设的计算，与相对于近亲假设的计算，不能相互替代。
单独核查从指数到概率的转换：初始假设及舍入。重复统计需要算法说明、参数及充分原始数据；使用程序时，版本和设置可能重要。信息缺失时，审查人员提出索取请求，而不是认定更高百分比正确。检测更多标记，也应根据其对任务的信息价值评价。
如何编制比较结果
每项差异应说明来源及对结论的意义。可区分已经解释的格式或舍入差异、任务设定差异，以及尚未解决的数据矛盾。对后者注明哪些文件或检验可能有帮助，以及不能核查什么。新的实验室检验需要独立任务及适当取样。
结果可能是协调两项结论、对个别计算提出意见，或无法根据提交材料在假设之间作出选择。审查不产生新的遗传分型，也不承诺推翻某份文件。安排工作时，说明差异表现即可；完整遗传材料应通过适当渠道与专业执行方商定提交，不要向通用表单上传可识别身份的数据。